Organisasi dan Tata Kerja dan Laksana Badan Narkotika Nasional Kota Mojokerto diatur dalam Peraturan Badan Narkotika Nasional Nomor 6 Tahun 2020 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi Dan Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota. Berdasarkan Peraturan Kepala Badan Narkotika Nasional Republik Indonesia nomor KEP/175/II/KA/KP.07.00/2022/BNN tentang Peta Jabatan Di Lingkungan Badan Narkotika Nasional, terdapat perubahan dalam struktur organisasi hingga di tingkat Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota.

Berikut Bagan Struktur Organisasi yang terdapat di Badan Narkotika Nasional Kota Mojokerto :

Susunan Organisasi Badan Narkotika Nasional Kota Mojokerto terdiri dari :

1. Kepala BNNK;
2. Subbagian Umum; dan
3. Kelompok Jabatan Fungsional

Adapun tugas dan fungsi adalah sebagai berikut :

Kepala BNNK mempunyai tugas memimpin BNN Kota Mojokerto dalam pelaksanaan tugas, fungsi, dan wewenang BNN dalam wilayah Kota Mojokerto, dan mewakili Kepala BNN dalam melaksanakan hubungan kerja sama P4GN dengan instansi pemerintah terkait dan komponen masyarakat dalam wilayah Kota Mojokerto.

Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan rencana program dan anggaran, pengelolaan sarana prasarana dan urusan rumah tangga, pengelolaan data informasi P4GN, layanan hukum dan kerja sama, urusan tata persuratan, kepegawaian, keuangan, kearsipan, dokumentasi, hubungan masyarakat, dan penyusunan evaluasi dan pelaporan dalam wilayah BNNK/Kota.

Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan. Dalam pelaksanaan tugasnya, ditetapkan Koordinator dan Subkoordinator Pelaksana Fungsi Pelayanan Fungsional sesuai dengan ruang lingkup bidang tugas dan fungsi. Koordinator dan Subkoordinator Pelaksana Fungsi Pelayanan Fungsional mempunyai tugas mengoordinasikan dan mengelola kegiatan pelayanan fungsional sesuai dengan bidang tugas masing-masing.

Adapun 3 (tiga) pelayanan fungsional Badan Narkotika Nasional Kota Mojokerto, diantaranya:

Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan rencana strategis dan rencana kerja tahunan P4GN, kebijakan teknis P4GN, diseminasi informasi dan advokasi, pemberdayaan alternatif dan peran serta masyarakat, dan evaluasi dan pelaporan di bidang pencegahan dan pemberdayaan masyarakat dalam wilayah Kota Mojokerto.

Seksi Rehabilitasi mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan rencana strategis dan rencana kerja tahunan, kebijakan teknis P4GN, asesmen penyalahguna atau pecandu narkotika, peningkatan kemampuan lembaga rehabilitasi medis dan rehabilitasi sosial penyalahgunaan atau pecandu narkotika. Baik yang diselenggarakan pemerintah maupun masyarakat, peningkatan kemampuan layanan pascarehabilitasi dan pendampingan, penyatuan kembali ke dalam masyarakat, dan evaluasi dan pelaporan di bidang rehabilitasi dalam wilayah Kota Mojokerto.

Seksi Pemberantasan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan renacan strategis dan rencana kerja tahunan, kebijakan teknis P4GN, administrasi penyelidikan dan penyidikan terhadap tindak pidana narkotika, pengawasan distribusi prekursor sampai pada pengguna akhir, dan evaluasi dan pelaporan di bidang pemberantasan dalam wilayah Kota Mojokerto.