Susunan Organisasi yang terdapat di BNN Kota Mojokerto terdiri :

1. Kepala
2. Subbagian Umum
3. Seksi Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat
4. Seksi Rehabilitasi
5. Seksi Pemberantasan

Yang masing-masing memiliki tugas :

1. Kepala BNN memiliki tugas :

– Memimpin BNN Kota Mojokerto dalam pelaksanaan tugas, fungsi, dan wewenang BNN dalam wilayah Kota Mojokerto,

– Mewakili Kepala BNN dalam melaksanakan hubungan kerja sama P4GN dengan instansi pemerintah terkait dan komponen masyarakat dalam wilayah Kota Mojokerto.

1. Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan rencana program dan anggaran, pengelolaan sarana prasarana dan urusan rumah tangga, pengelolaan data informasi P4GN, layanan hukum dan kerja sama, urusan tata persuratan, kepegawaian, keuangan, kearsipan, dokumentasi, hubungan masyarakat, dan penyusunan evaluasi dan pelaporan pada satuan kerja BNN Kota Mojokerto.
2. Seksi Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan rencana strategis dan rencana kerja tahunan P4GN, kebijakan teknis P4GN, diseminasi informasi dan advokasi, pemberdayaan alternatif dan peran serta masyarakat, dan evaluasi dan pelaporan di bidang pencegahan dan pemberdayaan masyarakat dalam wilayah Kota Mojokerto.
3. Seksi Rehabilitasi mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan rencana strategis dan rencana kerja tahunan, kebijakan teknis P4GN, asesmen penyalahguna atau pecandu narkotika, peningkatan kemampuan lembaga rehabilitasi medis dan rehabilitasi sosial penyalahgunaan atau pecandu narkotika. Baik yang diselenggarakan pemerintah maupun masyarakat, peningkatan kemampuan layanan pascarehabilitasi dan pendampingan, penyatuan kembali ke dalam masyarakat, dan evaluasi dan pelaporan di bidang rehabilitasi dalam wilayah Kota Mojokerto.
4. Seksi Pemberantasan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan pelaksanaan koordinasi penyusunan renacan strategis dan rencana kerja tahunan, kebijakan teknis P4GN, administrasi penyelidikan dan penyidikan terhadap tindak pidana narkotika, pengawasan distribusi prekursor sampai pada pengguna akhir, dan evaluasi dan pelaporan di bidang pemberantasan dalam wilayah Kota Mojokerto.